2chでお話が盛り上がってから、やはり気になったので NextBikeに問い合わせてみました。
帰ってきた返事は以下の通りDEATH。
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お世話になっております。
NeXT-Bikeでございます。
自転車ご愛用頂いておりまして、
誠にありがとうございます。

また、既にご連絡を頂戴しており
お返事がないとのこと、誠に申し訳ございません。

お写真を頂いたボトムブラケットの傷でございますが
車体下部の変速機のワイヤーガイドのボルトが若干長い為
ボトムブラケットをお取り外し頂く際、ワイヤーガイドのボルトを
緩めずにボトムブラケットを外そう致しますと
ボルトがボトムブラケットに接触しており、
外そうとしても固く、ボトムブラケットに線のような傷が
発生してしまう場合がございます。
線の横の打刻のようになっている部位につきましては
工場でボルトを締める際に、強く締め発生していると思われます。
なおボトムブラケットを現状のままご利用頂くことは
機能・安全上特に問題ございません。
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ボルトはボトムブラケット着脱の際して緩めて頂くことで
同様の傷の発生が避けられますが、
もし突き出しを解消される場合にはボルトを短くして頂くか
(その場合、ネジ山を綺麗に残さないとお取り付けが難しくなります。)
またはスプリングワッシャーを用いてボルトの尺を消耗することで
ボトムブラケット側への突き出し防止が期待できます。

どうぞ宜しくお願いいたします。
また、当店からのお返事をさせて頂いていなかったとの旨
重ねてお詫びを申し上げます。


NeXT-Bike
 
 というお返事を頂きました。 
 ボルトが長いわけでもないのか? 全てに同じ長さのボルトを使っているのかも気になるとこです。
応力に関して等も書きたいことは山ほどあるのですが、3万のチャリに求めてはいけないかとも思ったりします。
 先日少しばかり走らせてみたのですが、パンクもせずに割と良い感じで乗れています。 もう少しハンドルの位置調整、サドルをもう少し高くしたいという気持ちがあります。
  ちょっといじってこよう